微生物的應用范圍相當廣泛，傳統上微生物在酒類釀造、食品酦酵和污水處理等方面都扮演重要角色；隨著科技發展的腳步，許多由微生物的產品也被一一開發。
微生物產品一般依據其用途來區分，例如：
（1）醫藥品，包括抗生素、荷爾蒙、疫苗、免疫調節劑、血液蛋白質等；
（2）農業用品，包括家畜用藥、微生物肥料、微生物殺蟲劑、微生物除草劑等；
（3）特用品和食品添加劑，包括氨基酸、維生素、有機酸、核苷酸等；
（4）大宗化學品和能源產品，包括酒精、甘油、甲烷等；
（5）環保產品：垃圾處理或分解環境污染物質的微生物；
（6）其它產品：有助于金屬濾取（bioleaching of metals）的微生物、遺傳工程蜘蛛絲蛋白質（genetically engineered spider’s silk proteins）等。
另外也可以將微生物產品依據的來源來分類，例如：
（1）微生物菌體，包括烘焙酵母、菇類、藻類、乳酸酦酵用的種菌（starters）、冬蟲夏草、益生菌、改善環境的各種微生物制劑等；
（2）微生物酵素，包括淀粉酶、纖維素酶、蛋白酶、微生物凝乳酶（microbial rennin）、脂肪酶（lipases）、葡萄糖異構酶（glucose isomerase）、青霉素醯化酶（penicillin acylase）、膽固醇氧化酶（cholesterol oxidase）、限制酶（restriction enzymes）等；
（3）微生物代謝物，包括酦酵產物（fermentation products）如酒精、乳酸、丁醇與丙酮等，生長因子（growth factors）如氨基酸、維生素、檸檬酸等，二級代謝產物（secondary metabolites） 如抗生素、生物堿（alkaloids）等；
（4）遺傳工程蛋白質，包括人類荷爾蒙如胰島素（insulin）、生長激素（human growth hormone）；免疫調節劑如干擾素（interferons）、細胞間素（interleukins）；血液蛋白質如凝血因子（blood-clotting factors）、血清白蛋白（serum albumin）、基因重組疫苗如B型肝炎疫苗（hepatitis B vaccine）、豬的狂犬病和下痢疫苗（rabies vaccine and diarrhea vaccine for pigs）；單株抗體（monoclonal antibodies）等。