多肽的溶解度取決元計算的物理特性。氨基酸可分類為酸性，堿性，極性，非極性，疏水性。多肽有高含量的非極性疏水性氨基酸或極性不帶電荷的氨基酸。建議溶解在有機溶液中（例如：DMF，甲醇，丙醇，異丙醇，DMSO）。總之，酸性多肽一般溶解于堿性溶液中，而堿性多肽溶解在酸性溶液中。
氨基酸的屬性
堿性：Arg,His（H）,Lys（K）
非極性疏水性：Ala（A）,Ile（I），Len（L）,Met（M）,Phe（F）,Pro（P）,Trp（W）,Val（V）
極性不帶電荷：Asn（N）,Cys（C）,Glg（G）,Gln（Q）,Ser（S）,Thr（T）,Tyr（Y）
酸性：Asp（D）,Glu（E）
Bachem公司發布每批號的產品分析報告（ADS），提供在特殊溶液中的溶解度。客戶可以酌情按產品分析報告中溶液來溶解多肽。或者客戶可以按下列方法試驗小量樣品中多肽的溶解度。由于多肽的溶解特性取決于其氨基酸成分。在選擇適當的溶劑之前我們建議先查一下多肽的氨基酸序列，
1、 堿性多肽（堿性氨基酸數量＞酸性氨基酸數量）應該先用小量酸性氨基酸溶液（例如：醋酸或三氟醋酸）溶解，然后稀釋劑所需的濃度。制備高濃度的儲存液時，應用80%醋酸溶解多肽。也可用20%醋酸溶解減少醋酸對于檢測系統的不良影響。
2、 酸性多肽（酸性氨基酸數量＞堿性氨基酸數量）應該先用小量堿性氨基酸溶液（例如0.1%氨水，NH4OH）,然后用水稀釋到所需的濃度。應該注意，對于含有半胱氨酸（Cysteine）的多肽要避免使用氨水，因為在PH堿性條件下會促使二硫鍵的形成。
3、 中性或者高度疏水性多肽，含有許多極性不帶電荷的氨基酸或非極性疏水性氨基酸，應該用小量的有機溶劑（例如：DMF，甲醇，丙醇，異丙醇，DMSO）溶解，因為DMSO可形成氨基酸甲風化。
4、 離液劑（例如尿素，鹽酸胍）有時用來溶解凝聚的多肽，但如有可能應當盡量不用，因為離液劑會干擾多肽的生物學應用。在個別情況下，多肽的溶解時間較長，甚至達幾個小時，在水浴中超聲波打幾分鐘可促使大顆粒多肽的溶解。但是不要加度加熱。含有Trp,Met,Cys的多肽要額外小心避免氧化，應該用無氧的水或還原劑（例如DTT）來溶解。儲藏時，多肽溶液應該分裝后置于-15℃，可以保持穩定幾個月，含有Trp,Met,Cys的多肽半衰期較短，不宜長期保存。

多肽在溶解和儲存時，應遵循下列要點：
1、 多肽的凈重
在準備多肽的溶液時，應考慮到多肽的凈重問題。研究用多肽的HPLC純度一般達到95%以上，而多肽的固體含量在70-90%范圍內，這是因為多肽含有的其它離子（例如：醋酸/三氟 乙酸）和殘余的潮氣。每個批號的多肽含量都記錄在分析數據報告上
2、 多肽凍干粉的處置
*多肽長期保存應放置在-15℃以下。
*多肽容易吸潮，應先把裝有多肽的瓶放在玻璃器中，至于室溫下平衡溫度，然后才能打開瓶稱量多肽，多肽吸收水分后將影響穩定性使多肽含量減少。
*從瓶中稱出所需量的多肽后，應立刻將瓶蓋擰緊。
3、溶解于儲存
*多肽應溶解在適當的溶液中：酸性多肽應溶解在堿性溶液中，堿性多肽應溶解在酸性溶液中。必要時可用超聲波幫助溶解。
*多肽含有Trp,Net,Cys應該特別注意免氧化.應該用無氧的水或還原劑.
*儲存時,多肽溶液應該分裝后置于-15℃以下,多數含有Trp,Net,Cys的多肽半帥期教短,不應長期保存。