通過改變外源cDNA在質粒中的插入方向或選用不同的RNA聚合酶，可以控制RNA的轉錄方向(即以cDNA的哪條鏈為模板轉錄RNA)，從而可以得到與mRNA同序列的同義RNA探針(senseprobe)或與mRNA互補的反義RNA探針(antlsense probe)，后者即互補RNA(cRNA)探針。通常用同義RNA探針作cRNA探針的陰性對照。ELISA試劑盒
 
    由于在體外轉錄反應物中可提供有標記物標記的核苷酸為原料．因此經過體外轉錄就能得到標記的cRNA探針。ceRNA探針是單鏈探針，故以cRNA探針進行雜交反應可避免應用雙鏈cDNA探針作雜交反應時存在的兩條鏈之間的復性問題。cRNA和mRNA之間形成的雜交體要比cDNA-mRNA雜交體穩定．因此雜交反應后可經受高嚴格度洗滌。cRNA -mRNA雜交體不受RNA酶的影響，故雜交后還可用RNA酶處理，以除去未結合的探針。此外，體外轉錄合成的cRNA探針的長度比較一致。ELISA試劑盒

    由于cRNA探針具有以上優點，因此在分子雜交中，特別是在原位雜交中的應用較廣泛。但cRNA探針的制備過程較復雜，需要較高的分子生物學實驗條件，cRNA對RNA酶敏感，易被RNA酶破壞，因而在操作過程中需嚴格防止RNA酶污染。ELISA試劑盒